当山の歴史は今から約1280年前、行基菩薩の諸国巡歴の際、山陰道の要所であったこの地に足を止め、疫病と貧窮に苦しむ人々を救い国家を安寧ならしめんが為に、菩薩みずから一刀三拝して彫刻した薬師仏の尊像を安置せられたことに始まります。天平9年（737）には六坊及び三重塔の七堂伽藍が創建され、八鹿山薬師寺と称しました。延暦年間には弘法大師も訪れたと伝えられる由緒ある古刹です。
創建当時、山頂近くにあった伽藍は、天文年間の洪水災害によって流失し、天文11年(1542)現在の位置に再興して寺号を川会山長楽寺と改めました。爾来、病患を救う霊験あらたかな薬師如来の霊場として民や領主の尊崇を受け、その荘厳さは各地より訪れる参詣者を驚かせたと伝えられています。寛文・明治の度重なる火災によって三重塔・楼閣・僧坊・仁王門等、多くの堂塔・文化財を焼失するも、その都度再興を遂げ、檀信徒をはじめ多くの善男善女の信仰の場となってきました。
昭和61年、相互タクシー（株）会長・多田清翁による大仏寄進の発願があり、着工より約7年の歳月を経て完成。平成6年4月17日、高野山ならびに諸山の大徳をお迎えして但馬大仏開眼法要が厳修されました。
全山を境内にした大舞台の上に建つ伽藍は、大門・五重塔・大仏殿・薬師堂・弁天堂・鐘楼・回廊などを配し、現代建築の技術と伝統文化の粋を見事に織りなしています。1200年余の伝統の上に、現代の人々の祈りが込められ、新しいこころの拠りどころとなっています。